Tom Popper Jr. (joué par Jim Carrey) est un homme d'affaires occupé dont la vie change radicalement lorsque son père, un aventurier explorateur, lui lègue six pingouins. Initialement déconcerté par la présence des pingouins, M. Popper commence à s'attacher à eux et se rend compte que leur présence peut apporter des moments de joie et de rapprochement à sa famille. Le film suit les aventures hilarantes de M. Popper et de ses nouveaux compagnons à plumes alors qu'ils essaient de s'adapter à la vie urbaine de New York. Les pingouins apportent des défis, mais aussi des moments comiques et des leçons de vie précieuses. Au fur et à mesure que M. Popper développe un lien plus fort avec les pingouins, il réalise également l'importance de sa famille. Il cherche à renouer avec ses enfants, Amanda (interprétée par Madeline Carroll) et Billy (joué par Maxwell Perry Cotton), et à retrouver l'amour perdu avec son ex-femme, Amanda Popper (interprétée par Carla Gugino).